Análisis de los datos del COVID-19 en España con R (I)

Este artículo es una exploración didáctica de los datos del COVID-19 en España y pretende mostrar las capacidades para el estudio epidemiológico que ofrece R.

En ningún momento se debe considerar como un informe de situación de la epidemia en España. Para ello se recomienda consultar los datos comunicados por el Ministerio de Sanidad.

Modelado de la epidemia de COVID-19 en España

R ofrece funcionalidades para ajustar un modelo SIR a los datos observados de incidencia de COVID-19 en España. Esto nos permite estimar el número básico de reproducción R0 y realizar posibles predicciones sobre la evolución de la epidemia.

Adquisición de datos

Los datos se han obtenido de las notas actualización diaria de enfermedad por SARS-CoV-2 (COVID-19) que publica el Ministerio de Sanidad en su página web. Se ha considerado para este trabajo las notas publicadas a partir del 05 de marzo de 2020 (actualización nº 37) hasta el 15 de marzo de 2020 (actualización nº 45).

Se trata de un resumen epidemiológico de casos confirmados notificados publicado diariamente a las 13:00 horas. A partir del 05 de marzo se incluyen datos detallados por comunidad autónoma.

Análisis de datos exploratorio

Incidencia acumulada diaria

En primer lugar mostraremos el número acumulado de casos confirmados notificados para toda España y para cada una de las comunidades autónomas.

Se observa un crecimiento aproximadamente exponencial típico de la propagación de una epidemia. Si representamos los datos en una escala logarítmica obtenemos una curva de crecimiento  lineal.

Incidencia diaria

Los datos proporcionados por el Ministerio de Sanidad son acumulados. Para obtener la curva epidemiológica necesitaremos la incidencia diaria. La calcularemos a partir de los datos acumulados diarios.

Se han filtrado los datos anteriores al día 10/03/2020 pues no se disponía de las notas actualizadas de los días 06/03, 07/03 y 08/03.

Con los datos disponibles a fecha de hoy 16/03/2020 se observa que la epidemia sigue en su fase de crecimiento.

Fallecidos en los casos notificados confirmados

Visualizaremos el número de fallecidos diarios y acumulados en toda España.

Como se observa la tendencia de mortalidad de la epidemia sigue en crecimiento.

En nuestro próximo post actualizaremos los datos y ajustaremos un modelo SIR.